Die Insel wurde schon in der Antike von Seefahrern besucht. Die Griechen nannten sie „Oglasa“ oder „Ocrasia“; die Römer errichteten auf der höchsten Erhebung der Insel, dem 645 m hohen Berg Fortezza, einen Jupiter-Altar. Im 5. Jahrhundert n.Chr. kamen Einsiedler auf die Insel. Der bekannteste Inselbewohner in dieser frühen Zeit war der Heilige Mamilian (oder Mamiliano) von Palermo, der nach der Legende einen Drachen von dort verjagt haben soll. Um das Jahr 600 gründeten Benediktinermönche das Kloster „Sankt Mamilianus“, im Andenken an den Heiligen. Dieses Kloster war im Mittelalter sehr bedeutend und wohlhabend; die Sage von Montecristo als Schatzinsel stammt aus dieser Zeit. Im Jahr 1553 wurde das Kloster von Piraten zerstört, die Mönche wurden in die Sklaverei verkauft. Damit endete die dauerhafte Besiedlung der Insel. Montecristo gehörte im Lauf der Geschichte u.a. zum Stadtstaat Pisa und zum Großherzogtum Toskana. In der Mitte des 19. Jahrhunderts baute der Engländer George Watson-Tylor eine Villa auf der Insel, legte einen botanischen Garten an und pflanzte Eukalyptus an. Im Jahr 1869 kaufte der italienische Staat die Insel, seit 1971 steht sie unter Naturschutz.
Die Insel ist felsig, es fällt recht wenig Niederschlag. Daher leben hier vor allem robuste Pflanzen, z.B. Heidekraut und Eichen. Besonders interessant ist die Tierwelt. Die auf der Insel frei lebenden Ziegen stammen aus Asien – wahrscheinlich wurden sie schon in der Antike eingeführt! Auch eine endemische (d.h. nur hier nachweisbare) Art von Eidechsen ist auf der Insel zu finden, die Art Podarcis Muralis Calabresiae. Zugvögel rasten gern auf der Insel, und der stark gefährdete Mittelmeer-Sturmtaucher nistet hier. Nur wenige Gebäude sind vorhanden: die Villa von George Watson-Tylor, die Ruine des Klosters und die Station der Wildhüter.
Heute leben nur zwei Personen dauerhaft auf Montecristo: zwei Wissenschaftler, die Flora und Fauna erforschen. Im Sommer erhalten sie Unterstützung von Wildhütern. Die Wildhüter passen auf, dass keine unbefugten Besucher in dem kleinen natürlichen Hafen Cala Maestro anlegen! Der Besuch der Insel ist nämlich nur mit ausdrücklicher behördlicher Erlaubnis möglich. Pro Jahr dürfen nur 1.000 Besucher die Insel betreten. Naturfreunde, die gern einen Trip auf das wildromantische Eiland unternehmen möchten, müssen sich an die staatliche Waldschutzbehörde „Corpo Forestale“ in Follonica oder an die Verwaltung des Nationalsparks Toskanisches Archipel in Portoferraio (Insel Elba) wenden.
