Nicht nur die Vielfalt seltener Tier- und Pflanzenarten, die sich über Jahrhunderte auf den Inseln der Toskana unabhängig von den Arten Sardiniens und Korsikas entwickelten, sondern auch die geologischen Besonderheiten ziehen Naturfreunde und Forscher in ihren Bann. Die Inseln des Toskanischen Archipels gründen sich auf unterschiedliche Gesteinsarten, sodass sie jeweils ihren eigenen landschaftlichen Charakter herausgebildet haben. Entlang der Küsten wechseln sich raue Klippen und Grotten mit flachen Sandstränden und üppig blühender Vegetation ab. Während Montecristo und Gorgona aus Granitgestein bestehen, basieren Elba und Giglio auf einem Granit- und Sedimentgesteinsgemisch. Pianosa und Giannutri sind Kalksteininseln, während Capraia als einzige Insel vulkanischen Ursprungs aus Lava entstanden ist.
Die hohe Vegetation bestand früher vor allem aus Steineichenwäldern, die jedoch im Zuge des Bergbaus fast vollständig verschwanden und sich nur in einigen Teilen Elbas erhalten haben. An ihrer Stelle bestimmen heute Erdbeerbäume, Myrte, Erika und Mastixsträucher die Binnenlandschaften. Auf den Bergen Elbas finden sich noch Kastanienwälder, Hopfen-Buchen und Eiben. Als Flächenbewuchs lässt das mediterrane Klima vor allem immergrüne Arten mit fleischigen Blättern und Dornengewächse gedeihen, so prägen Ginster, Heidekraut, Kreuzdorn, Rosmarin und Wacholder das Bild.
Die Fauna des Toskanischen Archipels zeigt sich in der Luft sowie an Land und unter Wasser gleichermaßen abwechslungsreich. Viele Seevogelarten ziehen sich hierher gern zum Nestbau zurück. Neben Sturmtauchern und Silbermöwen sind auch die seltenen Korallenmöwen heimisch, die dem Archipel als Wahrzeichen dienen. Zu den ansässigen Kolkraben, Wanderfalken und Wildtauben gesellen sich häufig Zugvögel auf der Durchreise. Unter den Landbewohnern sind vor allem Marder, Wildziegen und Wildkaninchen verbreitet, außerdem lassen sich Blattfingergeckos und andere typisch mediterrane Arten beobachten. Im über 56.000 Hektar großen Wasserreich des Archipels leben verschiedene Arten von Korallen, Seesternen, Seeanemonen und Poseidongras. Außer Delfinen lassen sich gelegentlich auch Pottwale, Finnwale und Mönchsrobben sehen.
Aber auch für historisch Interessierte hat der Toskanische Archipel einige Attraktionen zu bieten, zu den beliebtesten Sehenswürdigkeiten gehören die Katakomben von Pianosa aus frühchristlicher Zeit, das Stadthaus Napoleons auf Elba und die Villa Domizi Enobarbi auf Giannutri aus dem ersten Jahrhundert n. Chr. Der Parco nazionale dell’Arcipelago Toscano lässt sich mit der Fähre von Porto St. Stefano, Piombino und Livorno aus erreichen. Unterkünfte für Touristen in allen Kategorien finden sich vor allem auf den am besten erschlossenen Inseln Capraia, Giglio und Elba.
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